Se a hipótese de que o síndrome de Asperger é uma das perturbações autistas aceita as causas da síndrome de Asperger são semelhantes aos do autismo.

As causas exactas de distúrbios do autismo não foram identificadas, apesar de um património genético é, de acordo com estudos, por trás dos distúrbios deste tipo.

Em apoio a esta idéia é o fato de que a síndrome de Asperger é herdada de pais para filhos, independentemente do ambiente. Em alguns casos, perturbações autistas pode estar relacionada com a exposição a substâncias tóxicas, problemas com a gravidez ou do parto e infecções pré-natais.

Estas influências ambientais podem agir em conjunto para modificar ou aumentar a gravidade do defeito genético subjacente potencialmente. Alguns autores têm sugerido um papel causal de exposição a vacinas em autismo. No entanto, a grande maioria dos dados epidemiológicos mostram nenhuma evidência de uma associação entre vacinas e autismo, e os especialistas não suportam esta teoria.