Muitos fatores influenciam o prognóstico de uma criança com síndrome de Apert. A idade em que a primeira cirurgia é realizada para criar espaços entre os ossos do crânio é importante. Atraso mental pode resultar de uma acumulação de pressão no cérebro. Ter um ambiente familiar favorável aumenta as chances de desenvolver normalmente. Crianças com problemas médicos complexos que muitas vezes não têm esse ambiente de suporte tem retardo mental, social e emocional.

Mesmo se as mãos nunca irá ser totalmente normais, capaz de realizar uma cirurgia para separar e endireitar os dedos. Operações como a escrita ea manipulação de botões são difíceis de executar. Dispositivos adaptativos na escola e em casa permitir uma maior independência. A separação dos dedos dos pés geralmente não melhora a pé, mas pode melhorar a auto-imagem da criança.

As pessoas com síndrome de Apert têm inteligência normal pode viver uma vida plena e produtiva. Treinamento ajuda as pessoas com inteligência limitada.